O Programa Saúde na Escola (PSE), política intersetorial da Saúde e da Educação, foi instituído em 2007. A proposta do PSE é centrada na gestão compartilhada por meio dos Grupos de Trabalho Intersetoriais (GTI), numa construção em que tanto o planejamento quanto a execução, o monitoramento e a avaliação das ações são realizadas coletivamente, de forma a atender às necessidades e demandas locais. O trabalho no GTI pressupõe, dessa forma, interação com troca de saberes, compartilhamento de poderes e afetos entre profissionais da saúde e da educação, educandos, comunidade e demais redes sociais. As ações propostas estão baseadas nos princípios e diretrizes do SUS e do PSE: Integralidade, Territorialidade, Intersetorialidade, Interdisciplinaridade, Equidade e Universalidade. O PSE é uma estratégia de integração da saúde e educação para o desenvolvimento da cidadania e da qualificação das políticas públicas brasileiras.
Contribuir para a formação integral dos estudantes, desenvolvendo ações integradas entre as Secretarias Municipais de Saúde e da Educação com intuito de: promoção de saúde; prevenção e controle de doenças e agravos à saúde; e melhoria da qualidade de vida, identificando precocemente crianças, adolescentes e jovens em situação de maior exposição às vulnerabilidades, bem como discussão e reflexão sobre aspectos pertinentes à cultura de paz e cidadania.
Desde 2013, todos os municípios do país estão aptos a participar do Programa Saúde na Escola. Podem participar os estudantes da Pré-escola, Ensino Fundamental, Ensino Médio, Educação de Jovens e Adultos, Gestores e Profissionais de Educação e Saúde dos municípios, e, de forma mais amplificada, estudantes da Rede Federal de Educação Profissional e Tecnológica.
A Semana Anual de Mobilização Saúde na Escola trata de uma parceria entre os Ministérios da Saúde e da Educação e acontece em torno de temas de mobilização nacional com o intuito de sensibilizar a comunidade para a importância das boas condições de saúde no desenvolvimento pleno do educando.